118просмотров
62.1%от подписчиков
3 марта 2026 г.
Score: 130
Дорогие мои дорогие! Я делал эту штуку долго, вроде получилось https://github.com/georglihodey/finalreport_to_bed/tree/main Это скрипт и файлы для трансформации FinalReport'ов в BED и их объединения.
Конечно всё сделано под коров, но если хотите можно переложить и на другие организмы, только нужно сделать манифест, таблицу синонимов и таблица ФорвардАллель-ТопАллель. Главные проблемы с чипами: Разные названия одного и того же маркера; Отсутствие информации о позиции маркера; На разных чипах и в разных датасетах маркеры могут быть как прямые так и обратные. Срипт это попытка разрешить данные сложности. Буду очень рад если эта штука ва окажется полезной. Код не оптимизирован)))00)) Я про таблицу синонимов не уверен, там в идеале в первой колонке должны быть имена маркеров у которых есть позиции, мб для некоторых это не так. Переделывать пока лень Господи, я писал это два месяца и досих пор не верю что это хоть сколькото работает