Презумпция невиновности налогоплательщика существует в Налоговом кодексе, но отсутствует как факт. И этот факт надо принять. Это вам придётся объяснять, почему вы выбрали именно этого контрагента, как проверяли сведения о нём и убедились, что контрагент сможет выполнить для работу/оказать услугу. И вам, а не налоговому органу придётся доказывать реальность хозяйственных операций.