Удивительно, но если большинству задать вопрос - кто же такой Бог Матрицы с которым встретился Нео, это большинство вспомнит Архитектора. Тем временем Архитектор сам однозначно дал понять, что он такая же программа как и все остальные персонажи. А вот лицо с которым общался в самом конце Нео, вполне может быть тем существом, которое обратилось к нему из другой реальности, ну или обратило свое внимание на то что в программе происходит какой-то незапланированный сбой. По ходу фильма нам много раз дают понять, что реальность Матрицы и реальность Зеона - это по сути одно виртуальное пространство. Взять хотя бы тот факт, что Зеон каждый раз уничтожается вместе с Матрицей, а затем когда Матрица воскресает, машины "отстраивают" Зеон заново и заселяют его людьми.