Элизабет Шоу и Чарли Холлоуэй извлекают из пещер Шотландии символы, повторяющиеся у древних культур, никогда не встречавшихся. «Weyland Industries» финансирует путешествие к системе Zeta² Reticuli. В 2093 звёздолёт «Прометей» садится на луне LV-223. Команда обнаруживает куполообразный комплекс и голограммы гуманоидов, названных Инженерами. Андроид Дэвид открывает ампулы с вязкой чёрной жидкостью. Мутаген заражает одного из учёных и проникает на борт. Туннели кишат неизвестными организмами, а анализ ДНК подтверждает родство Инженеров и человека. Шоу ищет ответы, зачем создатели готовили биологическое оружие против своего творения, пока капитан разрабатывает план, чтобы удержать угрозу внутри древнего сооружения.