В еврокубках Гаиска Мендьета провел 77 матчей и набрал 21 балл по системе «гол+пас». Сезон-1999/00 стал для испанца первым в Лиге чемпионов. С учетом квалификации он провел на турнире 16 матчей и дошел до финала. Забить в нем у полузащитника не вышло, но зато его первый гол на международной арене в ворота «Рейнджерс» получился роскошным.