Пластичность регуляторного ландшафта гена XIST в эволюции приматов Эволюция механизмов инактивации половой X-хромосомы у приматов оказалась значительно более динамичной, чем предполагали ранее. В недавнем исследовании, опубликованном в журнале Science Advances, представлен детальный сравнительный анализ центра инактивации X-хромосомы (XIC) у человека, макаки-резуса и обыкновенной игрунки. Для сравнительного анализа XIC авторы использовали высокоразрешающее картирование контактов хроматина (Capture Hi-C), секвенирование РНК (RNA-seq) и визуализацию транскриптов отдельных аллелей методом RNA-FISH. В результате были обнаружены существенные различия в работе регуляторов даже между эволюционно близкими видами при сохранении итогового биологического результата. Наиболее интересным открытием стала регуляторная роль ретротранспозона семейства HERVK, который встроился в центр инактивации X-хромосомы в линии макак. С помощью методов CUT&RUN и ATAC-seq исследователи обнаружили в этой вставке четыре сайта связывания белка CTCF, формирующих новую топологическую границу в 3D-организации генома. Эта граница эффективно изолирует соседние гены CHIC1 и NAP1L2 на активной X-хромосоме от регуляторного влияния домена XIST. Чтобы подтвердить функциональную значимость этого элемента, авторы применили систему CRISPR-Cas9 для направленного удаления вставки HERVK. Такая манипуляция привела к «гуманизации» 3D-архитектуры локуса у макак и активации эктопических контактов, что подтверждает роль мобильных элементов как ключевых архитекторов генома, способных менять ландшафт хроматина. Авторы предположили, что специфичная для макак граница между доменами хроматина на активной X-хромосоме (Xa) защищает гены CHIC1 и NAP1L2 от эктопических взаимодействий с предполагаемыми энхансерами, расположенными между ретротранспозоном HERVK и геном XIST. Параллельно с изменением физической структуры локуса произошла функциональная дивергенция длинных некодирующих РНК. У человека и игрунки lncRNA JPX выступает в роли мощного активатора XIST, определяющего вероятность формирования РНК-облака. Однако у макак влияние JPX существенно ослаблено и дополняется действием специфичного для этого вида энхансера Enh5. Таким образом, эта работа подчеркивает, что стабильность критически важного эпигенетического процесса обеспечивается высокой пластичностью регуляторного ландшафта. Она достигается за счет комбинации вставок транспозонов, 3D-перестроек хроматина и появления новых цис-регуляторных модулей в ходе эволюции приматов. Полная версия статьи: Cazottes, E., Alfeghaly, C., Rognard, C., Necsulea, A., Loda, A., Castel, G., Villacorta, L., Dong, M., Heard, E., Aksoy, I., Savatier, P., Morey, C., & Rougeulle, C. (2026). Remodeling of XIST regulatory landscape during primate evolution. Science Advances, 12, eadw5839. DOI: 10.1126/sciadv.adw5839