Пока коллеги гадают по кофейной гуще, вы будете хладнокровно использовать pod5 API и modkit. Что это такое? Сейчас расскажем! На пятом дне курса мы переходим к прямой работе с сырым сигналом в формате POD5 и инструменту Modkit. Современные алгоритмы позволяют отказаться от устаревшего и громоздкого fast5: новый формат POD5 оптимизирован для быстрой записи и параллельных вычислений, что критично при работе с высокопроизводительными ячейками. С помощью Modkit исследователь получает возможность анализировать нативное метилирование ДНК (например, 5mC или 6mA) напрямую из прочтений, полностью минуя дорогостоящую и трудоемкую бисульфитную конверсию. Зачем это вам? 🤔 Умение работать с POD5 и Modkit позволяет не только радикально сократить время анализа и нагрузку на дисковое пространство, но и извлечь из одного запуска секвенатора максимум информации. Вы получаете данные об эпигенетическом ландшафте образца "бесплатно" — без дополнительных химических манипуляций в лаборатории. Кстати, особое внимание мы уделим дуплексному бейзколлингу — технологии, которая позволяет объединять информацию с обеих цепей одной молекулы ДНК. Это дает беспрецедентный уровень точности (Q30+) (что значат эти цифры мы рассказываем на курсе), позволяя отличить реальную биологическую вариацию от технического шума там, где обычного анализа недостаточно. Ждем вас на курсе — все будет максимально применимо в реальной практике!