Короче, тема такая: Advanced Skeleton при генерации создаёт ControlSet, в нём лежат все контролы - это хорошо, НО плюс к этому и экстра группы, в которых лежат эти контролы - это плохо. Не спрашивайте меня для чего это нужно, ну просто так, наверное, чтобы мы всё это дело бейкали и наши графдиторы умирали от тормозов при ретайме. Вот скриптик, который удаляет все пустые трансформ ноды, без шейпов. Для меня это просто маст, когда создаю риг - может и вам пригодится.